FreeBSDのUPDATINGによると、
20101227:
AFFECTS: users of databases/mysql55-server
AUTHOR: ale@FreeBSD.org
MySQL 5.5 has been updated to 5.5.8 GA release. Since layout is
changed you should remove mysql55-{client/server/scripts} ports
before upgrading. The build system is changed too, so expect
failures.
ということなので、一度消さないといけないのか～と思いながら、phpMyAdminを更新していたら、clientも一緒に更新されてしまいました、なんのエラーもなく。
一旦消せって書いてあるのにと思いながらも、serverだけ一旦削除しての再インストール。
MySQL使用しているシステムは問題なく動作しました。関係なかったのかな？
MySQL5.5.8 から、5.5.10にアップグレードだと…。
と思ったら、clientは、5.5.8と5.5.10が入っていました。
Upgradeしたわけではなかった… orz
pkgdb -F
して、5.5.8のclientを削除しました。
ヤレヤレ。（＾＾；